-نبود صنایع تبدیلی مناسب برای ایجاد ارزش افزوده بالا در محصولات کشاورزی

-ضعف سیستم آبیاری  و سنتی بودن آبیاری مزارع و باغات به طوری که با وجود ساخت 4 سد عمده در استان هنوز اقدام قابل توجهی برای توسعه شبکه آبیاری  و زهکشی انجام نشده است

- توسعه نیافتگی صنعت به خصوص صنایع کوچک و متوسط

- نداشتن راه ارتباطی مناسب با کشور همسایه ( ترکمنستان)جهت برقراری ارتباطات تجاری و احداث بازارچه مرزی

- متصل نبودن به شبکه راه آهن سراسری

- عدم توجه کافی به بخش گردشگری و توریسم علی رغم دارا بودن شرایط و قابلیت فراوان جهت توسعه این بخش

- با توجه به نو پا بودن استان مشکلات زیادی در ساختار اداری و دیوانی استان وجود دارد که باعث کند شدن روند توسعه استان می شود.

-عدم استفاده مناسب از نیروی کار ارزان در سطح استان