از دوره حکومت هخامنشیان ایرانیان برای دریافت مالیات و امورمالی کشور تشکیلات خاصی داشتند. در زمان ساسانیان اخذ مالیات صورت کامل تری به خود گرفت و سه نوع مالیات به نام های اراضی، سرشماری و سرانه دریافت می شد. پس از تسلط اعراب بر ایران، در زمان حجاج بن یوسف ثقفی دفاتر مالیاتی از فارسی به عربی درآمد و دوره سلجوقی با دستور عبدالملک کندری وزیر طغرل مجددا به فارسی برگردانده شد. در زمان سلطنت صفویه تجارت خارجی و درآمد گمرکی به بخش مالیات اضافه و در دوره افشاریان گسترش بیشتری یافت. در دوره قاجاریه وضع مالیه کشور به واسطه جنگ ها، مسافرت ها و ضعف پادشاهان رو به رکود گذاشت و با زحمات طاقت فرسای امیرکبیر گام های سودمندی برداشته وبرای وصول، نگهداری و مصرف خزانه مقررات جدیدی وضع گردید. قبل از مشروطیت، شاهان تمام درآمدها وعواید کشور را دراختیار داشته و تمام مخارج نیز به فرمان وتصویب شخص شاه صورت می گرفت. در آن زمان مردم صاحب مجلس و پارلمان نبودند و شاه، شخصی به نام وزیر دفتر (وزیر مالیه) را مامور می کرد تا بودجه کشور را تنظیم کند.در هر استان مسئول هر کتابچه در مرکز یک مستوفی بود . این مستوفیان عده ای کارمند داشتند که آنان را میرزا قلم دان می گفتند و رییس مستوفی ها را مستوفی الممالک می گفتند که همان وزیر مالیه بود. با انقلاب مشروطه در سال 1285 اولین کابینه قانونی تشکیل و ناصرالملک بعنوان نخستین وزیر مالیه از مجلس شورای ملی رای اعتماد گرفت. وی با همان روال سابق ادامه کار داده و به دستور وی محل کنونی رادیو تهران که محل اداره گمرک بود به وزارت مالیه اختصاص یافت. در سال 1289 ادارات هفتگانه وزارت مالیه تصویب و تشکیل گردید و مهمترین ادارات در آن زمان خزانه داری کل، گمرک و وصول عایدات بود .پس از مدتی محل وزارت مالیه به پارک اتابک، محل کنونی سفارت شوروی سابق انتقال یافت. مطابق قانون در سال 1294 وزارت مالیه به 9 اداره تقسیم گردید که عبارت بودند از : دایره وزارتی، تشخیص عایدات و خالصه جات و مسکوکات، خزانه داری کل و دیون عمومی و وظایف، گمرکات، محاکمات مالیه، کمیسیون تطبیق حوالجات، پرسنل و ملزومات و مجلس مشاور عالی برای محاکمات اداری. از سال 1300 به بعد دگرگونی های زیادی در وزارت مالیه رخ داد؛ از جمله اینکه حدود چهل شرکت دولتی تاسیس و بعدا منحل گردید ند و سازمان به دو قسمت مالی و اقتصادی تقسیم و به وسیله دو معاون و هفت مدیر اداره می گردید و نیز در سال 1329 سازمان وزارت دارایی با تقلیل ادارات مورد تصویب قرار گرفت. و بالاخره در سال 1353 قانون تشکیل وزارت اموراقتصادی و دارایی با شش ماده به تصویب مجلس شورای ملی رسید. اداره کل امور اقتصادی و دارایی استان ایلام همزمان با تشکیل استانداری ایلام در سال 1352 تأسیس گردید و در سال 1367 معاونت هزینه و رئیس نمایندگی خزانه استان در ادارات کل امور اقتصادی و دارایی سراسر کشور ایجاد گردید. به عبارت دیگر در شاخه هزینه، معاونت هزینه عهده­دار انجام مسئولیت حساس گردید. در سال 1375 فضای اداری (ساختمان) سازمان به دلیل کوچکی مکان از مالیاتی تفکیک و از سال 1382به طورکلی وظایف ­این­ دو (ازلحاظ ­وظایف ­و مسئولیت های ­محوله) تفکیک­گردید. در ماده 8 و تبصره 2در تاریخ 24/10/1384دستورالعمل اجرایی تجمیع از سوی وزارت امور اقتصادی و دارایی سازمان امور اقتصادی و دارایی و ادارات کل مالیاتی استان­ها به تصویب رسیده و از تاریخ ابلاغ لازم­الاجراء گردید.طبق این تصویب­نامه سازمان­های امور اقتصادی و دارایی استان ها موظف به انتقال قطعی اموال منقول و مورد توافق رؤسای سازمان امور اقتصادی و دارایی و مدیران کل امور مالیاتی­ در­استان­ها­طبق ­توافق­ طرفین­ انجام­ پذیرد.