۱- مشکلات مواصلاتی و جاده‌ای
نقش صنعت حمل و نقل در رشد و شکوفایی استان انکارناپذیر است. براساس آمار و اطلاعات موجود، سهم ارزش افزوده بخش حمل و نقل از کل رقم قابل توجهی بوده و طی ده سال گذشته نیز روند رو به رشدی داشته است. در این میان سهم ارزش افزوده زیربخش حمل و نقل جاده ای بیش از سایر زیربخش ها بوده و همواره بیش از نود درصد ارزش افزوده بخش حمل و نقل مربوط به حمل و نقل جاده ای بوده است. علیرغم جایگاه مهم حمل و نقل جاده‌ای در استان بر اساس آمار موجود استان فارس دارای حادثه‌خیزترین جاده‌های کشور است.
۲- کم‌آبی و حفر چاه‌های غیر مجاز
بی شک آب یکی از مهمترین مولفه های زندگی انسان هاست. برخورداری از آب سالم از عوامل اساسی شکل‌گیری تمدن شناخته می‌شود و هیچ کشوری بدون داشتن آب سالم و مناسب، ثبات اقتصادی، اجتماعی و سیاسی لازم را نداشته و از سوی دیگر بحران نبود آن می‌تواند در عرصه های مختلف از سلامت انسان‌ها تا معیشت و توسعه تاثیرگذار باشد، به طوری که غالب صاحبنظران معتقد هستند قرن حاضر، قرن بحران آب خواهد بود، بحرانی که فقر و بدبختی مردم جهان و رشد چشمگیر مهاجرت‌ها، درگیری‌ها، جنگ های خانمان سوز و تنش های حاد سیاسی را رقم خواهد زد و نسل بشر را با تهدید جدی مواجه خواهد کرد. استان فارس نیز به عنوان یکی از استان‌هایی که در تنش آبی شدید قرار دارد، از این آسیب ها در امان نبوده و عدم دسترسی مردم به آب، ضمن فراهم کردن بستر نارضایتی عمومی، مباحث و مشکلات امنیتی اجتماعی بسیاری را می‌تواند رقم بزند که مصداق عینی آن را در اعتراضهای مسالمت آمیز صورت گرفته در سایر استان‌ها نظیر اصفهان و خوزستان می‌باشد.
۳- ناتمام ماندن پروژه‌های عمرانی
همان‌گونه که توسعه عمرانی و ساختمانی هر استان، موجبات عمران و آبادانی کشور را فراهم می‌آورد، به همان میزان ناتمام ماندن پروژه‌های عمرانی و ساختمانی نیز آثار و پیامدهای منفی اجتماعی و اقتصادی دارد و این حوزه‌ها را دچار مشکل می‌کند. در یک نگاه کلی مهمترین دلایل نیمه‌تمام ماندن پروژه‌های عمرانی وجود مشکلات مالی نظیر تمام‌شدن بودجه به دلایل مختلف از قبیل عدم تعریف بودجه پروژه‌ها به صورت مرحله‌ای، برآورد نادرست هزینه‌ها، هزینه‌یابی ناصحیح و یا حتی تغییر قیمت مصالح می‌باشد. استان فارس مانند سایر استان‌ها با مشکل ناتمام ماندن پروژه‌های عمرانی روبروست به شکلی که تکمیل پروژه های نیمه تمام؛ اولویت دولت سیزدهم در استان فارس بوده است.
۴- کمبود صنایع تبدیلی و تکمیلی محصولات کشاورزی
خام فروشی و کمبود صنایع تبدیلی و تکمیلی بخش کشاورزی یکی از معضلات و مشکلات اقتصادی در استان فارس است. در واقع خام فروشی یکی از مباحث جدی در عقب ماندگی بخش تولید و اقتصاد استان است و فرآوری محصولات کشاورزی می‌تواند ضمن ایجاد اشتغال، بیشتر باعث ارتقای سطح سرمایه‌گذاری در استان شود و همین امر موجب کمک به رونق اقتصاد مردم خواهد شد. بنابراین باید فرآوری محصولات در داخل استان به دستور کار اضافه شود و با نگاه تخصصی و علمی مورد سنجش و پایش قرار گیرد.
۵- ضعف در سیستم دفع فاضلاب شهری و صنعتی
متاسفانه عدم اجرای طرح‌های فاضلاب و یا اجرای ناقص آنها در شهرهای استان بویژه شهر شیراز سبب شده که تصفیه فاضلاب‌های خانگی آنچنان که باید اصولی اجرا نشود و در شهرهایی که شبکه و تصفیه خانه فاضلاب اجرا شده است، بخش اعظم منازل مسکونی و مشترکین خانگی و تجاری استان هنوز به شبکه فاضلاب وصل نباشند. ضعف در سیستم دفع فاضلاب شهری و صنعتی سبب شده تا استفاده از پساب‌هایی آلوده به مواد شیمیایی و صنعتی در کشتزارها و جالیزهای رواج پیدا کند و امنیت غذایی و سلامتی مردم استان را به خطر بیاندازد.
۶- ضعف زیرساخت ریلی
حمل و نقل از بخش های مهم و زیربنایی در اقتصاد است که حمل و نقل ریلی یکی از بهترین گزینه ها برای نیل به توسعه اقتصادی می‌باشد. مهمترین مزایای حمل و نقل ریلی ایمنی بسیار بالا و مصرف بسیار کمتر انرژی در حمل بار است که توسعه حمل و نقل ریلی در استان حمایت از تولید داخلی و بخش خصوصی استان است که باید مورد توجه مسئولان قرار گیرد. در واقع برخورداری راه آهن از ظرفیت‌های مناسب برای ترانزیت کالا و ایجاد مزیت صادراتی برای بسیاری از تولیدات داخلی در صورت گسترش کیفی و کمی حمل و نقل ریلی و مزیت در حمل انبوه و حجیم بار در مسیرهای طولانی، مصرف سوخت کمتر، آلودگی زیست محیطی، ایمنی بالا، اتصال تعداد مراکز باری مهم از جمله بنادر به شبکه ریلی از جمله مزیت‌های این حوزه است که اعمال سیاست‌های توسعه ای را در این بخش توجیه پذیر می‌کند. در حال حاضر در استان فارس احداث سه محور ریلی شامل محورهای گلگهر-شیراز، یزد-اقلید و شیراز-بوشهر در برنامه شرکت ساخت و توسعه زیربناهای حمل‌ونقل قرارگرفته و نیازمند تخصیص اعتبار است.
۷- کشت سنتی و ضعف در صادرات محصولات کشاورزی
استان فارس طی سال های اخیر با توجه به کاهش بارش ها با مشکل خشکسالی مواجه شده و سوی دیگر استفاده بی رویه از آب‌های زیرزمینی خشک شدن تالاب ها، رودخانه، قنات ها و چاه های آب را به دنبال داشته است. این موضوع سبب شده تا حرکت به سوی کشاورزی مدرن اجتناب ناپذیر باشد. در سالیان گذشته هر چند استان فارس همانند بسیاری از نقاط کشور از بارش رحمت الهی بهره بسیار برد اما این بارش ها نتوانسته منابع آبی از دست رفته را به طور کامل جبران کند و تاکید کارشناسان همچنان بر صرفه جویی و بهینه سازی مصرف آب به ویژه در بخش کشاورزی است که حدود ۹۰ درصد مصارف آب را به خود اختصاص داده است. یکی از راهکارهای موثر برای کاهش مصرف آب تا میزان ۹۰ درصد و افزایش بهره وری در بخش کشاورزی توسعه کشت گلخانه ای است که در استان فارس از ابتدای روی کار آمدن دولت سیزدهم توجه ویژه ای به آن شده است. علاوه بر این محدودیت شدید منابع آبی استان، عدم توجه به مزیت¬های صادراتی استان در الگوی کشت، عدم ثبات قیمت کالاهای صادراتی کشاورزی و نوسانات زیاد آن در بازار داخلی در کنار تمرکز جغرافیایی بالا و محدود بودن بازارهای هدف محصولات کشاورزی به کشورهای حوزه خلیج فارس بخصوص امارات که باعث شده صادرات محصولات کشاورزی وابستگی شدیدی به روابط سیاسی بین ایران و کشورهای حوزه خلیج فارس داشته باشد باعث گردیده صادرات بخش کشاورزی در استان فارس سهمی متناسب با پتانسیل‌های خود نداشته باشد.
۹- نبود زیرساخت مناسب جهت استفاده از شهرک‌های صنعتی
شهرک‌های صنعتی اگرچه در دستیابی به اهداف توسعه صنعتی در کشورهای توسعه‌یافته و در حال توسعه نقش کلیدی داشته‌اند، در استان فارس اما این شهرک‌ها به دلایل مختلف نتوانسته‌اند در مسیر توسعه صنعتی موثر باشند و فعالیت بسیاری از واحدهای صنعتی مستقر در شهرک‌های صنعتی با اختلال مواجه شده و در مواردی نیز به تعطیلی آنها انجامیده است. آسیب‌شناسی وضعیت این شهرک‌ها در استان نشان می‌دهد که مسائل زیربنایی و زیرساختی در کنار مشکلات مربوط به تامین مالی و کمبود نقدینگی از اصلی‌ترین چالش‌های واحدهای تولیدی مستقر در شهرک‌های صنعتی در بعد عرضه است.
۱۰- روند رو به رشد حاشیه‌نشینی
افزایش جمعیت کشور در دهه‌های اخیر و میل به مهاجرت از روستاها به شهرها در همین دوره منجر به رشد سریع شهرهای بزرگ و در نتیجه حاشیه‌نشینی در شهرها شده است؛ در چنین شرایطی که توسعه پایدار شهرهای کشور امکان‌پذیر نیست، مشکلات شهرنشینی به‌عنوان موضوعی حساس و قابل توجه پدیدار می‌شود. حاشیه‌نشینی در واقع از عوامل تهدیدکننده کیفیت زندگی حضور مردم در فضاهای عمومی، ترس یا احساس ناامنی در مکان‌ها و فضاهای شهری است که نشاط و سلامتی را در زندگی روزمره مختل و موانعی که در مسیر رشد فرهنگی و مشارکت عمومی ایجاد می‌کند. طبق آخرین سرشماری شیراز به‌عنوان مرکز استان فارس، ششمین شهر بزرگ کشور است و در این شهر محلات متعددی به‌صورت پراکنده وجود دارد که مردم در سطح و حاشیه آن از مشکلات ناشی از اسکان غیررسمی و حاشیه‌نشینی رنج می‌برند.