رضا خواجه نائینی پس از بازدید از این مؤسسه ، درباره تفاوت مسئول شهر امام رضا(ع) با دیگران توضیح داد: تمام مسئولان در هر استان و هر شهری باشند نسبت به کارهایی که در دوران مسئولیت خود انجام داده‌اند باید پاسخگو باشند، اما به عنوان همسایه امام رضا(ع) وظیفه و انتظاری که از ما در برخورد با مردم به عنوان زائر یا مجاور امام رضا(ع) وجود دارد وظیفه هر مسئولی را سنگین‌تر می‌کند .
رضا خواجه‌نائینی درباره خبرخوشی دوران مسئولیت خود یادآور شد: فرایند الکترونیکی شدن مجوزها موضوع مهمی بود، ۱۲ سال پیش برای نخستین‌بار نرم‌افزاری استانی را راه‌اندازی کردیم که عمده آن به دلیل نبود قوانین بالادستی پیش نمی‌رفت، خوشبختانه در سال گذشته درگاه ملی مجوزها راه‌اندازی شد و ما به عنوان دستگاه ناظر می‌توانیم بر آن نظارت داشته باشیم و اعمال سلیقه شخصی در آن وجود ندارد و این از بهترین اتفاقات دوران کاری من بود.